环保及消费者团体对基因改造食物/农作物有以下的疑虑：

食用基因改造食物／农作物对人类健康影响的关注

过敏反应

在制造基因改造农作物时，转基因会随机插入接受基因的植物的脱氧核糖核酸 (即DNA)，这可能会导致新过敏原的产生，令高危人士产生过敏反应。虽然，在理论上引入新的基因可能会在基因改造食物引发新的过敏原。不过，基因改造食物必须经过安全评估，包括致敏性测试，才可在市场出售。这类评估有助防止可能引起过敏反应的基因改造食物流入市场。

基因转移

在基因改造过程中，有时会使用耐抗生素基因作为标示基因，以识别成功被基因改造的农作物。有人担心这些基因会从基因改造食物转移至人类肠脏的细菌，使这些细菌产生耐抗生素的能力。但由于这样的基因转移需要有很多复杂而且不大可能的事情的接续发生，所以成功的可能性很低。不过，世界卫生组织和联合国粮食及农业组织亦劝谕业界不要使用带耐医疗上常用抗生素特性的耐抗生素标示基因。

异系杂交

异系杂交是指基因改造植物的基因转移到传统农作物或相关的野外物种，以及以传统种子培植出来的农作物与基因改造农作物混合在一起。这种杂交可能会对食物安全带来间接的影响。世界卫生组织认为异系杂交存在一定风险，例如在美国便发现供人食用的粟米产品中含有微量只供餵饲用途的粟米。多个国家已采取策略，以减少混合的机会，例如清楚分隔农地里种植基因改造农作物和传统农作物的范围。

培植基因改造农作物对环境影响的关注

• 难以预计对生态平衡和生物多样性的影响；
• 持续种植能抵抗害虫的基因改造农作物可能对益虫有害，并加快具抗性昆虫的出现；
• 基因改造农作物的花粉和种子可能会意外地传播到邻近田野，令相近的传统品种改变，特别是能抵受除草剂的基因传到其他植物会导致"超级杂草"的出现。

社会和道德方面的关注

• 食物中含有一些人们因为宗教、健康或其他理由而不会进食的食物的基因；
• 应否把一些向来不杂交的动物或植物的基因转移。